Apache unterstützt nicht, den Inhalt einer .htaccess auf verschiedene Files zu verteilen.
Dennoch gibt es einen Weg, der zum gewünschten Ergebnis führt:
Alles, was in der .htaccess steht, kann statt dessen auch in die Serverkonfiguration geschrieben werden. Im Falle von RewriteRules sogar in exakt der gleichen Syntax, sofern dies in der Serverkonfig innerhalb des <Directory>-contexts erfolgt.
Der entsprechende Teil der Serverkonfig kann mit Include in eine separate Datei ausgelagert werden.
<Directory [...] > [...] Include /etc/apache2/sites-enabled/weitereRegeln </Directory>
Damit Rewrites in „weitereRegeln“ zusätzlich zu denen in einer vorhandenen .htaccess ausgeführt werden und nicht statt dessen, muss in „weitereRegeln“ die entsprechende Option gesetzt werden: RewriteOptions InheritBefore